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第二十一條 自由港區事業自國外運入自由港區內供營運之貨物，免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨
物規定補徵相關稅費。依前二項規定免徵稅捐者，無須辦理免徵、擔保、記帳及押稅手續。
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第二十二條 自由港區事業之貨物輸往課稅區時，應依進口貨物或相關規定，課徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。但在自由港區經加工、產製之產品，按運出港區時之形態，扣除自由港區內附加價值後課徵關稅。自由港區事業銷售勞務至課稅區者，應依法課徵營業稅。
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第二十三條 自由港區事業免稅之貨物、機器、設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往課稅區，經向海關申請核准者，得免提供稅款擔保。但應於核准後六個月內復
運回自由港區者並辦理結案手續；屆期未運回自由港區者，應向海關申報補繳稅費。前項輸往課稅區之貨物，因特殊情形經海關核准者，得不運回自由港區逕行出口，並辦理結案手續。第一項如須延長復運回自由港區之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向海關申請展延；展延以六個月為限。
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第二十四條 自由港區內之免稅貨物，依前條規定運往課稅區委託加工者，以非屬管制或限制貨品為限。前項受託課稅區廠商加工所添加之原料，不得申請退稅。
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第二十五條 自由港區事業之貨物輸往保稅區，應依保稅貨物之相關規定，免徵相關稅費。
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第二十六條 課稅區或保稅區之營業人銷售至自由港區事業供營運之貨物，其營業稅稅率為零。自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。
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第二十七條 自由港區事業運入供營運之貨物變更為非營運目的使用者，應於事前向海關或相關機關申報補繳關稅、
貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
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第二十八條 自由港區事業經自由港區管理機關核准結束營業、廢止或撤銷其營運許可時，其有關機器、設備及餘存之貨物，經盤點結算如有短少，應補徵關稅、貨物稅、營
業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
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第二十九條 銀行得依國際金融業務條例之規定，由其總行申請目的事業主管機關之特許，在自由貿易港區內，設立會計獨立之國際金融業務分行，經營國際金融業務。
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第三十條 金融機構得依銀行法、證券交易法第四十四條、管理外匯條例及中央銀行法之規定，向目的事業主管機關申請，於自由貿易港區內設立分支機構，並經中央銀行核准指定辦理外匯業務。
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第三十一條 國際金融業務分行得辦理自由貿易港區事業之外幣信用狀、通知、押匯、進出口託收、外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新台幣者為限。
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